Numit oficial după Nikos Kazantzakis, aeroportul este cel mai mare din Creta. În timpul sezonului estival, acesta gestionează numeroase zboruri charter; în restul anului, este deservit în principal de zboruri din Atena și din alte orașe grecești.

La prima vedere, Aeroportul Heraklion pare destul de învechit, iar facilitățile sale nu mai sunt cu adevărat adaptate operațiunilor moderne.

În 2017, s-a luat decizia finală de a construi un aeroport nou și modern; data finalizării a fost amânată în repetate rânduri, iar în prezent se preconizează că acesta se va deschide la sfârșitul anului 2026 sau începutul anului 2027.

Pentru călătoriile către vestul Cretei, Aeroportul din Chania reprezintă o alternativă viabilă.

Din aprilie până în octombrie, aeroportul este deservit de numeroase companii aeriene din întreaga Europă, cu zboruri atât regulate, cât și charter, către toate colțurile continentului.

Cea mai extinsă rețea de rute din Heraklion este operată de următoarele companii aeriene:

• Aegean Airlines: conexiuni pe tot parcursul anului, de câteva ori pe zi, către Atena + zboruri directe sezoniere de vară către întreaga Europă
• Sky Express: zboruri pe tot parcursul anului către Atena, Salonic și alte insule grecești + zboruri directe sezoniere către întreaga Europă în timpul verii
• Jet2.com: cele mai frecvente zboruri către numeroase orașe britanice
• Eurowings: zboruri către numeroase orașe din Germania
• Volotea: zboruri directe către Atena, Italia și Franța
• TUI: conexiuni extinse către Marea Britanie, Olanda, Belgia și Germania
• easyJet: zboruri către mai multe orașe din Regatul Unit, Franța și Elveția
• Wizz Air: zboruri regulate către Europa de Est
• Ryanair: un număr relativ limitat de zboruri în comparație cu alte companii, de exemplu către Bergamo, Viena, Berlin sau Bruxelles