FlyLili a operat propriile zboruri regulate până în ianuarie 2025, dar de atunci s-a specializat exclusiv în zboruri pentru agenții de turism și turoperatori către destinații de vacanță pe litoral.

Compania aeriană zboară în principal către destinații din Turcia, Egipt, Grecia și Tunisia și colaborează cu operatori de turism din România, Republica Cehă și Polonia.